Una vez el vegetal se ha recolectado se pasa a la fase de conservación, la cual puede ser in situ o ex situ.

• Conservación in situ.-Los cultivos se mantienen en su entorno natural, respetando sus condiciones bióticas y abióticas. Para ello se llevan a cabo tareas de selección y valorización de los productos agrícolas locales y la colaboración de las Oficinas de Extensión Agraria y Desarrollo Rural se hacen imprescindibles.
• Conservación ex situ.- La conservación de los recursos fitogenéticos agrícolas fuera de sus hábitats naturales. Se incluye aquí la conservación de semillas como la de plantas de reproducción vegetativa (frutales, papas, ajos…). Para los cultivos que se multiplican por semillas, éstas se conservan en unas condiciones determinadas de temperatura y humedad que permiten que sean viables durante largos periodos de tiempo. Las semillas conocidas como “ortodoxas”, aquellas que no pueden admitir las citadas condiciones de conservación, se recolectan y seleccionan para posteriormente desecarlas. Finalmente se introducen en botes herméticos que se conservarán a -4°C de temperatura. La conservación de las especies de reproducción vegetativa se realiza manteniendo el cultivo en el campo. El CCBAT dispone de fincas donde están presentes las diferentes especies de la isla de Tenerife, aunque también cuenta con la colaboración de agricultores para el mantenimiento de colecciones como ajos y papas.

Esta fase de varios niveles se lleva a cabo con el objeto de conocer a fondo los recursos fitogenéticos conservados, reflejando las diferencias entre las variedades, características morfológicas y agronómicas y cualidades nutritivas. Para esta labor, el CCBAT cuenta con la colaboración de diversos organismos como universidades o centros de investigación nacionales e internacionales.

• Morfológica: Basada en la observación de caracteres que, visualmente, pueden ser diferentes. A través de estos caracteres o descriptores se extraen datos como longitud, anchura, diámetro o área de las diferentes partes de la planta. También se extraen características como color, forma, pilosidad, rugosidad…
• Molecular: Permite obtener información genética de los organismos. Es un complemento indispensable de la caracterización morfológica ya que no siempre los descriptores se corresponden con una verdadera variabilidad molecular.
• Agronómica: Sirve para profundizar en el conocimiento sobre aspectos relacionados con la adaptación de las variedades a las condiciones ambientales locales. Estudia las características productivas de las variedades, su eficiencia fotosintética o la tolerancia a plagas y enfermedades. Este nivel de caracterización permite conocer por ejemplo qué variedades de centeno son más adecuadas para la producción de paja para tapar los pajares o qué variedades de cebolla producen bulbos de mayor calibre en función de las fechas tradicionales de plantación.
• Bromatológica: En colaboración con otros centros de investigación, se estudia las propiedades nutricionales y composición de las variedades. Esta caracterización se acompaña de catas para estableces el perfil sensorial de las variedades estudiadas.

Toda la información obtenida por los equipos de recolección se refleja en la Base de datos de Pasaporte que se comparte con la Red Nacional de Bancos de germoplasma.