Las competencias y funciones se gestionan a través de las siguientes unidades:
- Unidad Orgánica de Planificación y Desarrollo de Acciones Sostenibles
- Unidad Orgánica de Apoyo Administrativo
- Unidad Orgánica de Inspección, Planificación y Gestión de Residuos
- Unidad Funcional de Inspección
- Unidad Funcional de Planificación y Ejecución